Um dos obstáculos à utilização dos recursos piscatórios é a poluição do ecossistema aquático que pode pôr em causa a qualidade da cadeia alimentar e em consequência a qualidade do peixe e a saúde dos consumidores. Estes poluentes podem ser de origem orgânica ou inorgânica. A poluição orgânica pode ser originada por um conjunto vasto de substâncias químicas (por exemplo: hidrocarbonetos, pesticidas, herbicidas, matéria orgânica). Dentro dos poluentes inorgânicos são essencialmente os metais pesados como o mercúrio, o chumbo, ou o cádmio, assim como alguns oligo-elementos tais como o cobre ou o zinco, os principais factores de poluição. Estes elementos têm a sua origem em diferentes locais. Assim, podem ser introduzidos pela erosão e lixiviação dos solos, esgotos industriais e domésticos, sendo que a sua toxicidade está dependente da [sua] forma química (...).

(http://www.estg.ipg.pt/infoestg/boletim12/mercurio.htm)

O excesso de azoto em meios aquáticos naturais origina um desequilíbrio no ecossistema (eutrofização), levando ao grande desenvolvimento de algas e plantas, diminuição da quantidade de oxigénio dissolvido ou ainda problemas de toxicidade.

A principal razão da presença de compostos de azoto nas águas poluídas é a poluição orgânica. Embora, e actualmente, devido ao aumento da poluição atmosférica por parte do parque automóvel (emissão NOx) seja cada vez maior a fatia proveniente deste factor.

(http://pwp.net.ipl.pt/deq.isel/tsantos/li3c_poluicao.pdf)