A Reserva Natural do Sapal de Castro Marim e Vila Real de Santo António continua sem qualquer plano de ordenamento, que defina claramente as necessidades de gestão do espaço e as compatibilidades possíveis para com as populações envolventes. A juntar a esta situação, os ambientalistas apontam a alteração do regime hídrico provocada pelo encerramento das comportas de Alqueva, a já falada nova travessia sobre o Guadiana e alguns projectos a montante deste rio como as novas ameaças à sua integridade.

(http://www.spea.pt/IBA/noticias%20IBA%20Castro%20Marim.doc)

A maior parte da área da RNSCMVRSA faz parte do estuário do Rio Guadiana, sofrendo por isso uma forte influência do regime de marés. Cerca de 26% dos terrenos são inundados na preia-mar de uma forma periódica, segundo um ciclo diário e lunar. A área inundada pelas marés abrange essencialmente as zonas de sapal que envolvem o Rio Guadiana e os dois principais esteiros, o da Lezíria e o da Carrasqueira. Estes subdividem-se em pequenos esteiros, permitindo que uma rede de drenagem natural cubra todo o sapal. Alguns locais da Reserva, naturalmente inundáveis pela maré, não o são devido à influência humana. É o caso das salinas, construídas na maioria em zonas originariamente de sapal, nas quais a entrada de água é controlada pelo Homem, e de uma larga faixa junto ao Rio Guadiana, a norte da entrada do esteiro da Lezíria, na qual foi construído um dique para impedir a entrada da maré e possibilitar a agricultura (que actualmente já não se pratica).

(http://www.icn.pt/TurismoNatureza_anexos/RNSCMVRSA.pdf)