Os contaminantes potencialmente mais significativos neste campo são os fertilizantes, pesticidas e, indirectamente, as práticas de regadio. A reciclagem e reutilização da água subterrânea para regadio provoca um aumento progressivo da concentração de sais que, a longo prazo, a inutiliza para este fim.

Outros contaminantes de menor significado mas por vezes muito importantes são os associados às actividades pecuárias, sendo a sua poluição semelhante à doméstica.

Os fertilizantes inorgânicos como o amoníaco, sulfato de amónio, nitrato de amónio e carbonato de amónio e os orgânicos, como a ureia, são os responsáveis pelo incremento de nitrato, nitrito e amónio nas águas subterrâneas. Isto deve-se ao facto da quantidade de fertilizantes aplicada ser superior à quantidade necessária para o desenvolvimento das plantas.

Os nitratos são, em Portugal, um problema crescente tanto em extensão como em intensidade e persistência.

O incremento de sulfatos, cloretos e fósforo nas águas subterrâneas é um problema menos importante que o dos compostos nitrogenados e está relacionado com a aplicação de fertilizantes como o sulfato de amónio, cloreto de potássio, carbonato de potássio e compostos de fósforo.

Dentro dos pesticidas e produtos fitossanitários, os pesticidas organoclorados como o DDT são os mais perigosos devido à sua persistência e elevada toxicidade.

Resumindo, os principais problemas de poluição por actividades agrícolas são:

- A utilização inadequada de fertilizantes nitrogenados e fosforados em zonas de regadio com solos permeáveis e aquíferos livres, traduzida em aumentos consideráveis de nitratos no aquífero;

- Elevada taxa de reciclagem de águas subterrâneas em áreas de regadio intensivo;

- Lançamento indiscriminado de resíduos animais sobre o solo em zonas vulneráveis;

- Utilização incorrecta ou exagerada de pesticidas em solos muito permeáveis com escassa capacidade de adsorção.

(http://e-geo.ineti.pt/geociencias/edicoes_online/diversos/agua_subterranea/poluicao.htm)

A redução da disponibilidade de nutrientes nas terras agrícolas, devida quer à exportação de nutrientes contidos nos produtos agrícolas, quer à eliminação de resíduos orgânicos das terras aráveis após a colheita, quer devido à erosão do solo, foi remediada com a aplicação de fertilizantes sintéticos. Os adubos de origem animal foram substituidos gradualmente, à medida que as explorações se foram especializando, ou em produção vegetal ou em pecuária. O que levou ao advento do problema de falta de nutrientes numas e excesso de nutrientes em outras explorações.

(http://www.quercus.pt/scid/webquercus/defaultArticleViewOne.asp?categoryID=631&articleID=1780)