As causas fundamentais da poluição das águas subterrâneas ocasionada pela actividade humana podem agrupar-se em quatro grupos dependendo da actividade humana que as originou e que seguidamente se descrevem.

Poluição urbana e doméstica

É provocada pela descarga de efluentes domésticos não tratados na rede hidrográfica, fossas sépticas e lixeiras.

Os efluentes domésticos contêm sais minerais, matéria orgânica, restos de compostos não biodegradáveis, vírus e microrganismos fecais.

Os lixiviados das lixeiras, resultantes da circulação de água através da lixeira, são altamente redutores e enriquecidos em amónio, ferro ferroso, manganês e zinco, para além de apresentarem valores elevados de dureza, de total de sólidos dissolvidos e de concentração de cloreto, sulfato, bicarbonato, sódio, potássio, cálcio e magnésio. A decomposição da matéria orgânica na lixeira origina a produção de gases como o dióxido de carbono e o metano.

Este tipo de poluição, ao atingir, o aquífero origina um aumento da mineralização, elevação da temperatura, aparecimento de cor, sabor e odor desagradáveis.

(http://e-geo.ineti.pt/geociencias/edicoes_online/diversos/agua_subterranea/poluicao.htm)

(...) ao infiltrar-se no solo, esta água vai envenenar as águas subterrâneas, com consequências para a saúde pública. Salienta-se ainda que, se a poluição de um rio ou ribeira pode ser combatida eficazmente em alguns anos, as águas subterrâneas, que se renovam muito lentamente, podem manter-se contaminadas durante dezenas ou mesmo centenas de anos.

(http://www.naturlink.pt/canais/Artigo.asp?iArtigo=105&iLingua=1)