A técnica de afundamento do lençol de petróleo (por aumento da sua densidade) tem efeitos nocivos sobre a flora e a fauna dos fundos oceânicos. A combustão consiste na queima do petróleo como forma de o eliminar, mas as altas temperaturas promovem a solubilização de componentes tóxicos, o que não favorece o processo, para além de gerar grandes quantidades de fumos (poeiras e dióxido de carbono que agravam o efeito de estufa). Por vezes usam-se substâncias absorventes, tipo esponja, para reter o petróleo. Também o uso de detergentes tem-se revelado prejudicial. Estes são produtos químicos que provocam a dissolução e dispersão do petróleo. No entanto, os compostos resultantes da mistura são mais tóxicos, e a sua biodegradação é mais lenta, pois tendem a precipitar e a depositar-se em profundidade. Todavia, têm sido feitos esforços para que estes produtos sejam cada vez mais ecológicos. Na biorremediação, as bactérias decompõem o petróleo em substâncias mais simples (combustão natural). Estas bactérias são extraídas do amido de milho, e para digerir 1 litro de petróleo consomem o oxigénio de 327 litros de água do mar, pelo que se agrava o risco de asfixia do meio marinho.

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