A Bioquímica Ambiental pode ser expressa a nível molecular na acção de enzimas existentes em diferentes ambientes. Estes enzimas têm a sua origem em células mortas, rebentadas que permanecem nos ecossistemas, mantendo-se por vezes os enzimas com actividade, mesmo que por curtos períodos de tempo. Estes enzimas podem actuar de diversos modo tal como decomposição da matéria orgânica, mineralização e libertação de nutrientes inorgânicos e outras reacções complexas que mantêm a fertilidade dos solos e colaboram na manutenção dos ecossistemas após perturbação introduzida pela actividade humana.

(http://www.dqb.fc.ul.pt/cu/441115.htm)

No solo predominam grandes quantidades de organismos, principalmente no horizonte A. Estes organismos podem dividir-se em microfauna e macrofauna.

Quanto à microfauna, esta é constituída por milhões de bactérias, fungos, algas e protozoários (seres de dimensão microscópica). A maioria destes seres provoca a decomposição da matéria orgânica, utilizando-a, ou transformando-a em matéria mineral.

(http://pedropinto.com/ensino/downloads/tlbII_relatorio2.pdf)