O Plano de Bacia Hidrográfica do Rio Tejo prevê a existência no tempo de contaminação do estuário. "Uma parte dos problemas está associada a poluentes de carácter tóxico, persistente ou bioacumulável, com efeitos a longo prazo, em várias espécies e ecossistemas e, em geral, fortemente associados aos sedimentos, pelo que a sua permanência no meio hídrico será de longa duração, mesmo após ser eliminada a sua origem ou atenuada severamente a sua descarga."

(http://www.planetapesca.com/noticiasrio.asp?ID=62)

Os PCBs, persistentes, bioacumulativos e tóxicos para a reprodução, foram utilizados em plásticos e borrachas desde os anos 20, começaram a ser banidos nos anos 70. Estas substâncias ainda hoje se podem encontrar em certas populações perto do árctico (onde se acumulam as substâncias persistentes levadas pelas correntes marinhas). Um estudo em 2005 demonstrou que as comunidades pesqueiras do norte da Suécia e Gronelândia têm problemas de infertilidade causados pela presença identificada de PCBs nos seus organismos.

(http://www.carloscoelho.eu/dossiers/reach/ver.asp?submenu=20&pf=39)