O tratamento de efluentes por sistemas de lamas activadas representa um dos mais importantes sectores da biotecnologia com reconhecida importância mundial. Mesmo tendo em conta o conjunto de variáveis não controladas que estão em jogo nos sistemas de lamas activadas, estes continuam a ser considerados como o principal processo para tratar biologicamente efluentes líquidos. Um dos aspectos mais interessantes é o facto de apesar de estarem em funcionamento há quase 90 anos, pouco se saber acerca dos microrganismos que habitam os sistemas de lamas activadas. Os sistemas de lamas activadas são de facto ecossistemas cuja complexidade é capaz de desencorajar muitos especialistas em ecologia microbiana.

(http://www.fct.mctes.pt/projectos/pub/2006/Painel_Result/vglobal_projecto.asp?idProjecto=68393&idElemConcurso=856)

O tratamento secundário mais praticado é o processo de lamas activadas, que consiste na introdução de ar atmosférico no efluente, através de arejadores de superfície, formando um floco microbiano que facilmente sedimenta no órgão instalado a jusante (decantador) do tanque de arejamento.

(http://prambiente.com/web/index.php?option=com_content&task=view&id=23&Itemid=35)

A ETAR de Alcoutim tem como objectivo assegurar três níveis de tratamento:

- Primário: através de uma grade mecânica;

- Secundário: através de lamas activadas de baixa carga, composto por arejamento prolongado, seguido de decantação secundária com recirculação de lamas;

- Terciário: através de uma filtração pressurizada seguida de uma foto-oxidação por ultra-violetas, estando igualmente prevista a adição de um floculante, a montante da filtração e de hipoclorito, para limpeza dos referidos filtros.

(http://www.cm-alcoutim.pt/portal_autarquico/alcoutim/v_pt-PT/menu_turista/concelho/ambiente/saneamento+basico/)