Em termos naturais, a Paisagem Protegida [das Lagoas de Bertiandos e S. Pedro de Arcos] possui um variado conjunto de valores paisagísticos e biológicos, destacando-se a existência de um interessante mosaico de habitats, alguns estão incluídos no Anexo I da Directiva Habitats, como sejam, os Cursos de água mediterrânicos permanentes Paspalo-Agrostidion e margens arborizadas de Salix e Populus alba, Floresta galeria com Salix alba e Populus alba e Turfeiras de cobertura das terras baixas, este último classificado como um habitat prioritário.

As zonas húmidas, como as duas lagoas pertencentes ao sistema lacustre, os vários sistemas fluviais como o rio Estorãos e os diversos canais naturais que irrigam as lagoas, as várias manchas pertencentes ao sistema palustre, os bosquetes florestais de vegetação natural, onde se destacam os amieiros, carvalhos, salgueiros e vidoeiros, associados a campos de cultura que formam um mosaico tipo "Bocage", pouco representado no nosso país, e ainda as duas grandes áreas agrícolas, conferem à paisagem protegida enormes potencialidades exprimidas pelo seu património biológico.

(http://www.cm-pontedelima.pt/pagina/pag/amb/lagoas/lagoas.html)