Quando vai comprar casa com recurso ao crédito habitação, irá suportar Imposto de Selo em dois momentos, aquando da escritura e aquando da disponibilização do empréstimo na conta à ordem.

Simplificando, no momento da escritura irá suportar 0,8% sobre o valor de aquisição/escritura e simultaneamente (geralmente), aquando da disponibilização do empréstimo em conta à ordem irá suportar Imposto de Selo sobre o valor do empréstimo de acordo com o prazo do crédito habitação, da seguinte forma:

de 1 a 5 anos - 0,50% (Verba 17.1.2 - Tabela Imposto Selo)

superior a 5 anos inclusive - 0,60% (Verba 17.1.3 - Tabela Imposto de Selo)

De igual modo existe ainda lugar à cobrança de Imposto de Selo de 4% sobre o valor das principais comissões bancárias, nomeadamente, comissão de abertura, estudo e montagem, dossier, entre outras, desde que previstas no preçário de comissões e despesas.

(http://www.produtosbancarios.com/imposto-de-selo-credito-habitacao/)