Os principais problemas de conservação identificados na Torre foram os seguintes:

- problemas estruturais: elementos desalinhados, existência de blocos de pedra e/ou elementos seriamente fracturados ou deteriorados;

- infiltração de água causada por acumulação em superfícies horizontais (terraços, varandas) ou através de juntas deterioradas ou abertas, de grandes orifícios entre blocos, de fracturas e fissuras;

- superfícies sujas e manchadas devido à presença de resíduos superficiais inestéticos causados pela poluição aérea, pó ou colonização biológica;

- blocos de pedra deteriorados: superfícies que se desagregam em pó, escamas ou pequenas lascas, principalmente sob e/ou próximo de crostas negras e/ou de eflorescências.

(http://www.mosteirojeronimos.pt/web_torre_belem/cons_proc_invest.html)