À morte de João Antunes a igreja estava longe de acabada, sendo as obras dirigidas por Manuel do Couto (que cerra a abóbada central) e Santos Pacheco, com intervenções do cônsul-arquitecto Antoine Duverger, até sofrer os efeitos do terremoto. Tais vicissitudes levaram a que as obras só fossem acabadas em meados do século XX (já como Panteão Nacional, criado em 1916), pelos arquitectos da Direcção Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais (Raul Lino, Lyster Franco), sem término das torres e com adjacência de uma abóbada com lanternim, demasiado desproporcionada para a sólida estrutura espacial definida no projecto barroco de Antunes. Mesmo com tais adições, que os atrasos impuseram, houve respeito pela traça aprovada no concurso de 1683, deixando incólume a novidade estrutural daquela que é a primeira igreja portuguesa verdadeiramente barroca.

(http://www.ippar.pt/monumentos/se_staengracia.html)

A Igreja de Santa Engrácia, tal como hoje a conhecemos, é o resultado de um projecto de 1683, da autoria de João Antunes, mas que apenas foi concluído em 1966 pelos arquitectos da Direcção Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais. A morte do arquitecto régio, em 1712, implicou o quase abandono da obra, preterida por D. João V. Foi necessário esperar pela política de recuperação dos monumentos nacionais empreendida pelo Estado Novo para que Santa Engrácia tivesse, por fim, a sua cúpula.

(http://www.ippar.pt/pls/dippar/pat_pesq_detalhe?code_pass=71214)