Fachada do Instituto Superior Técnico, em Lisboa. Entre 1913 e 1948 Ernest Fleury ensinou e investigou nesta escola superior.

Fleury nasceu em Vermes, na Suíça, tendo estudado Geologia, Geografia e Química, primeiro na Universidade de Basileia e depois na de Friburgo. Em 1905 iniciou a preparação do seu doutoramento. Na mesma altura, Fleury foi contratado como professor particular do filho de um americano abastado, o que lhe permitiu viajar pela Europa durante três anos. Esta situação proporcionou-lhe a visita a numerosos laboratórios e bibliotecas, assim como a recolha de numerosos dados de campo. Durante uma estadia em Paris, em 1906, Fleury aproveitou para estudar Zoologia e Antropologia. Fleury doutorou-se em 1907 pela Universidade de Friburgo e, entre 1908 e 1913, leccionou na “École des Roches” em Verneuil-sur-Avre, França.

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Em 1913, Fleury viajou para Portugal a convite de do seu compatriota Léon Paul de Choffat (1849—1919), a fim de leccionar as cadeiras de Geologia e Paleontologia no Instituto Superior Técnico (IST), lugar cujo convite Choffat tinha declinado. Era ainda responsável pelos trabalhos práticos, pela direcção do laboratório de Geologia e pela organização das colecções de Geologia e Paleontologia portuguesas necessárias ao ensino. Fleury foi professor do IST até à sua jubilação, em 1948. As aulas de Fleury revestiam-se de carácter prático, promovendo inúmeras saídas de campo, prática indispensável à aprendizagem da Geologia mas que não era comum no ensino português da disciplina. Devotado ao ensino, Fleury parece ter sido um homem algo solitário, austero e mesmo seco; era, no entanto, respeitado pelos alunos que simpatizavam grandemente com ele. Foi ainda geólogo dos Serviços Geológicos entre 1929 e 1934 e, em 1949, tornou-se colaborador desta instituição.

Foi Choffat quem iniciou Fleury nos principais problemas da geologia portuguesa, especialmente no estudo dos terrenos secundários e terciários. Outras áreas da Geologia que mereceram a atenção de Fleury dizem respeito à morfologia e à hidrogeologia cársica. Com o decorrer dos anos, Fleury dedicou-se, não sem alguma relutância, a trabalhos de cariz mais prático, nomeadamente, à pesquisa de águas e de carvões. Desta forma, os últimos anos da sua vida profissional foram preenchidos, essencialmente, com este tipo de trabalhos, sendo chamado pelas autoridades oficiais a dar o seu apoio técnico na construção de barragens, no abastecimento de água a Lisboa e no metropolitano de Lisboa. Fleury foi o geólogo designado para acompanhar o Instituto Português de Combustíveis nas pesquisas de carvão no Cabo Mondego e na pesquisa de substâncias betuminosas. Todas estas circunstâncias fizeram com que a actividade de Fleury enquanto investigador se ressentisse; as suas publicações científicas começaram a escassear a partir de meados da década de 1920.

A acção científica de Fleury estendeu-se também às antigas possessões colónias portuguesas. Na década de 1920, foi membro correspondente em Lisboa da Missão Geológica a Angola que, mais tarde deu lugar ao Serviço da Carta Geológica de Angola, e, mais tarde, em 1941 e 1942, foi consultor do Serviço de Geologia e Minas daquela mesma antiga província portuguesa.

Além de ter sido membro de diversas organizações científicas estrangeiras, Fleury foi sócio da Sociedade de Geografia de Lisboa e da Sociedade Portuguesa de Ciências Naturais e sócio correspondente estrangeiro da Academia de Ciências de Lisboa.